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1、其优点是：克服了单次扩增平台期效应的限制，使扩增倍数提高，从而极大的提高了PCR的敏感性；2、由于模板和引物的改变，降低了非特异性反应连续放大进行的可能性，保证了反应的特异性；3、内侧引物扩增的模板是外侧引物扩增的产物，第二阶段反应能否进行，也是对第一阶段反应正确性的鉴定，因引可以保证整个反应的准确性及可行性。

2、但其亦有缺点：进行第二次PCR坟增引起交叉污染的几率大。

3、为了克服此缺点，可彩用同一反应管中巢式PCR，主要利用内外引物Tm值不同。

4、如果你已排除引物，酶，RNA提取，逆转录等等其他原因引起的PCR不成功，确定关键原因是模板量低的话，可以用巢式。

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